书以1956年上海千顷堂书局石印本为底本，原书系繁体字本，现易为规范的简化字本;原书系竖排本，现易为横排本，依照惯例，书中的“右”字，一律改为“上”字。凡例部分，原书顺序号均为“一”，现按“1、2、3……”顺序号径改。
凡书中明显刊刻错误，或径改，或于文后加注;通假字或异体字径改，个别的给予保留，文后不出注。
为保持本书面貌，书中的“内”“证候”“症候”等字或词未作改动;处方名及用量，原则上均遵原书不改。
原书中的部分药名、专有名词等，按照现代统一名称径改，如“栝楼”改为“瓜蒌”，“黄耆”改为“黄芪”，“藏府”改为“脏腑”等，文后不出注。