关于荥穴和输穴的主治，前面提到了一句话是“荥输治外经”。即荥穴和输穴主要治疗外经病。在《灵枢·寿夭刚柔第六》又说：“病在阴之阴者，刺阴之荥输。”什么是“阴之阴”呢？还是要看原文：“是故内有阴阳，外亦有阴阳。在内者，五脏为阴，六腑为阳；在外者，筋骨为阴，皮肤为阳。故曰病在阴之阴者，刺阴之荥输。”所以“阴之阴”的第一个“阴”是指内为阴，第二个“阴”是指五脏为阴，“阴之阴”就是在内的五脏。也就是说，病在五脏者，可取阴经的荥穴和输穴。
有的学生曾经问过我：““荥输治外经’说荥穴和输穴主要治疗外经病，病在阴之阴者，刺阴之荥输’又说荥穴和输穴主要治疗五脏病，这不是相互矛盾吗？到底哪个说法是对的？”我的回答是：“你能提出这一问题，说明你很善于思考。这两种说法都对，虽然表面上来看说得都是荥穴和输穴的主治，似乎是矛盾的，但只要你再仔细看一下《灵枢》的原文，以及其他地方对荥穴和输穴的应用，你就会知道两者的含义是不一样的，是一点也不矛盾的。荥输治外经’说的是阳经，‘病在阴之阴者，刺阴之荥输’说的是阴经。阳经和阴经的荥输穴主治特性有异，阳经的荥输穴主要治疗外经病，阴经的荥输穴则主要治疗内脏病。如《灵枢·五乱第三十四》曰：‘气在于心者，取之手少阴、心主之输；气在于肺者，取之手太阴荥、足少阴输。’说得就是阴经的荥输主治五脏病，而接下来的话是：‘气在于头者，取之天柱、大杼；不知，取足太阳之荥输。气在于臂足，取之先去血脉，后取其阳明、少阳之荥输。’说得就是阳经的荥输治疗外经病。”
为什么阴经的荥输可以治疗五脏病呢？首先，五脏病应该取所属的阴经而不是阳经，如肺病就应该取手太阴肺经，而不是其他阳经，因为肺经属肺。再者，前面我们已经谈到五脏的原穴可以主治五脏病，而在阴经中，输穴即是原穴，所以阴经的输穴治疗五脏病也就好理解了。
下面我们看一下阴经的荥穴。“井、荥、输、经、合”合称为五输穴，阴经和阳经五输穴的属性是不一样的。从井穴到合穴，阴经是木、火、土、金、水，阳经是金、水、木、火、土。这种五输穴与五行的配合，首见于《难经·六十四难》：“《十变》又言，阴井木，阳井金；阴荥火，阳荥水；阴输土，阳输木；阴经金，阳经火；阴合水，阳合土。阴阳皆不同。”五输穴的生克补泻法，就是根据经脉的五行属性和五输穴的五行属性，按照“实则泻其子，虚则补其母”的原则而选用穴位的。如肺经五行属金，土能生金，土为金之母，所以肺的虚证就应取肺经的属土的输穴太渊。详见“时间性病症的一针疗法”一章中的“十二经脉虚实证生克补泻取穴表”。
阴经的荥穴属于火，与五脏的阳气关系最为密切。火属阳，五脏属阴，所以调理五脏从阳气入手，也是《内经》“从阳引阴”、“阴病治阳”思想的具体体现。当五脏的阳气出现问题时，往往会出现面部及全身皮肤（包括经脉腧穴）颜色的改变，如阳气虚则苍白，阳气过盛或有火则红赤，此时最宜取五行属火的“输穴”治疗，所以《灵枢·顺气一日分为四时第四十四》说：“病变于色者，取之荥。”
支气管哮喘用肺经的荥穴鱼际治疗，就是“病在阴之阴者，刺阴之荥输”的具体应用。